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1.蒙醫藥萌芽與積累經驗時期（13世紀以前）
蒙古高原是人類最早棲息繁衍的地區之一。在長期的生產生活和醫療實踐中，蒙古族先民積累了豐富的衛生保健知識和醫療經驗。
如以蒙古包為代表居住環境得到明顯改善，有利于抵御風寒；酸馬奶等具有北方民族特色的飲食和各種保健方法的積累為蒙醫飲食療法和起居行為療法奠定了基礎；蒙古灸、針刺、放血等外治法已經普遍應用；藥物知識日趨豐富，創制了匈奴露宿丸等特色藥劑；各種外傷的治療以及急救方法頗具特色，尤以整骨技術見長。
2.古代傳統蒙醫形成時期（13世紀至16世紀）
蒙醫臨床醫療經驗積累日益豐富，蒙醫正骨、蒙古灸、刺血療法、外傷治療、飲食療法等蒙醫特色治療技術與方法有了進一步的發展并普遍應用。
元代太醫、蒙古族營養學家忽思慧編著的《飲膳正要》是我國現存第一部完整的營養學和飲食衛生專著，對蒙醫學飲食療法影響深遠。
骨傷學科獨立成專門學科，治療外療，骨傷科科技術日臻嫻熟；對傳染病有比較科學的認識并能有效預防。煙熏法、牛腹熱血浸泡法等急救方法延續幾百年。
寒熱理論、滋補理論、解剖學知識、藥物知識等奠定了蒙醫學理論的基礎，標志著古代傳統蒙醫藥學的形成。
3.近代蒙醫藥學理論體系的構建（16世紀至20世紀）
16世紀后期，隨著佛教的傳播，許多印、藏佛教著作也傳入蒙古地區，并陸續翻譯成蒙古文。
古印度醫學經典《醫經八支》《月光》和藏醫學著作《四部醫典》《蘭塔布》等醫學著作翻譯成蒙古文，以木刻版本或手抄本流傳，對蒙醫藥的發展發揮了積極作用。
蒙古地區一些規模較大的寺廟設置有專門培養醫學人才的專門機構——“滿巴扎倉”，為蒙古地區培養了大批醫學家。
許多蒙醫學家在實踐中學習、研究、注釋、印、藏醫學，整理和總結傳統蒙醫藥的理論與經驗，結合自己的臨床實踐，著書立說。《甘露四部》《蒙藥正典》《方海》為代表的近百部蒙醫學著作，成為蒙醫藥理論體系強有力的支撐，標志著近代蒙醫藥學的形成。
在蒙漢民族交往交流交融的漫長歷史進程中，不少北方民族醫學家致力于學習和研究中醫，有些中醫著作被傳播到蒙古地區，對傳統蒙醫學產生了一定影響。
諸多中醫學著作被翻譯成蒙古文在蒙古地區傳播，影響和豐富了蒙醫理論，陰陽五行學說，脈診等成為蒙醫學理論的重要組成部分。
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4.現代蒙醫學的發展（20世紀中葉至今）
中華人民共和國成立后蒙醫學進入一個嶄新的發展階段。1956年和1958年相繼成立了內蒙古自治區中蒙醫研究所和中蒙醫院，部分盟市、旗和蒙古族聚居的其他省的旗縣也先后成立了蒙醫研究所和蒙醫醫院，安排具有豐富臨床經驗和有名望的老蒙醫開展了醫療工作。
多家綜合醫院也開設了蒙醫科，通過舉辦蒙醫學習班、進修班、研究班或帶徒弟等形式培養蒙醫藥人才。
1958年在內蒙古醫學院設立蒙醫本科專業；1992年開始培養蒙醫碩士研究生；2004年開始培養蒙醫博士研究生。
蒙醫藥科學研究方興未艾，主要學科領域有蒙醫基礎與醫史文獻研究、蒙醫臨床研究、猛藥新藥開發研究以及蒙醫藥標準化研究等。
內蒙古自治區相繼出臺了《內蒙古自治區中醫藥條例》（2022年）和《內蒙古自治區振興中醫藥（蒙醫藥）行動計劃（2017——2025年）》，隨著黨和國家對中醫藥的大力支持，蒙醫藥事業發展進入了前所未有的大好時機，發展前景更加廣闊。
